Fondé en 1283, par l’Abbesse D.Mor Dias, le couvent fut confié à l’Ordre des sœurs clarisses peu après. Dona Isabel d’Aragon, la Reine Sainte Elisabeth, s’est intéressée à ce couvent et en a fait construire la nouvelle église, en style gothique.
Les travaux de construction du Grand Séminaire ont été entrepris en 1748. Les édifices sont précédés d'un très beau jardin d'apparat tracé au XXème siècle, mais de style baroque. La façade est formée de cinq corps, dont le central correspond au corps de l'église originelle.
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L'église est de petites dimensions, mais possède une architecture et une
décoration de grande valeur.
En 1217, l’épouse de D. Afonso II, Dona Urraca, a cédé une chapelle aux Franciscains, qui venaient d’arriver au Portugal et qui s’y sont établis dans des conditions précaires.
La première édification de l'église Santa Justa remonte au XIIème siècle, et se trouvait dans un endroit différent de l'actuel qui lui, fut inauguré en 1724.