L'Université est une des plus anciennes d'Europe. Fondée à Lisbonne par D. Dinis en 1290, elle a été définitivement transférée à Coimbra en 1537, en s'installant à l'époque dans les édifices du Palais Royal médiéval. Pendant les règnes de D. João V et D. José Ier, l'institution a souffert de grandes réformes, non seulement au niveau de l'enseignement mais aussi sur le plan architectonique par la construction d'édifices en style baroque et néo-classique.
L'église actuelle date de la seconde moitié du XIIème siècle, mais elle a été ouverte au culte en 1184 et elle suit le style roman de Coimbra de la seconde phase. Projeté par le Français Maître Robert, l'église présente un aspect robuste, symétrique, avec peu d'ouvertures et elle est surmontée d'un couronnement de créneaux.
Le "Pátio da Inquisição" doit son nom à un ensemble d'édifices de valeur historique et architectonique où a fonctionné, depuis 1566 et jusqu'à son extinction, en 1821, le Tribunal du Saint-Office.
Cette église a appartenu au Collège de la Compagnie de Jésus (les Jésuites) jusqu'à leur expulsion du Portugal en 1759. Les travaux avaient commencé en 1598, mais l'église ne fut consacrée qu'en 1640.
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