La ville de Coimbra possède une mystique bien à elle, fruit d'un passé riche en évènements importants. Elle survit aussi dans les souvenirs de plusieurs dizaines de milliers de Portugais qui, encore de nos jours, ici ou ailleurs, se rappellent avec nostalgie leurs jeunes années passées ici, quand ils fréquentaient l'Université - époque d'insouciance, d'amusement et d'espoir.

Les vestiges préhistoriques sont peu nombreux mais ils permettent de témoigner de la permanence humaine, dans le périmètre actuel de la ville.

De la période de la domination romaine il nous est resté un cryptoportique, situé sous les constructions de l'ancien Palais Episcopal, édifice où siège aujourd'hui installé le Musée Machado de Castro.

Avec la chute de l’empire romain, de nouveaux envahisseurs arrivent, ceux que l’on appelle habituellement les barbares : les Vandales, les Suèves, les Alanes, et plus tard les Visigoths, qui contribuèrent au changement du visage de la ville.

En 711, la ville fut occupée par les Musulmans, et resta islamique pendant plus de trois siècles, malgré quelques moments de domination des troupes chrétiennes. Conquise définitivement en 1604, par les troupes de Fernando Magno, Coimbra, par sa position géographique, fut alors le poste frontière entre le sud islamique et le nord chrétien, et une importante communauté mozarabe s'y est fixée.

Première capitale du royaume, au temps des premiers monarques, pendant près de deux siècles, elle a acquis une nouvelle projection avec la fondation de l'Université qui a permis la formation d'un noyau urbain rempli d'édifices notoires.

C'est à partir de 1537 que surgissent de nombreux collèges universitaires, et se créent alors deux espaces réservés à l'étude: auprès du Palais Royal (dans la partie la plus haute de la ville), et la rue de “Sofia” (dans la partie basse, la « Baixa »).

Au XVIIIe siècle, Coimbra conservait sa vocation académique, renforcée par la réforme de l'Université, conduite par le Marquis de Pombal. Les nouvelles constructions, fruits de cette réforme, ont changé l'aspect et la structure de la cité universitaire, en valorisant l'étude des Sciences de la Nature et l'Expérimentation.

Au XIXe siècle, une augmentation importante de la population a déclenché la construction de nouvelles rues et des maisons, dont le plan d’urbanisation de la “Quinta do Mosteiro de Sta Cruz”.

Au XX^e siècle, Coimbra connaît de nouvelles et profondes transformations avec la construction de la nouvelle cité universitaire. Une importante partie de la population résidant dans la partie haute de la ville a alors déménagé dans les nouveaux quartiers.

Dans les années 90, la ville s'étend vers la zone du "Vale das Flores" et de la "Boavista", où l'on a construit un nouveau pô - le « Pólo II » de l’Université, consacré aux Sciences et aux Technologies, près de la rive droite du Mondego, avec des édifices construits par les meilleurs architectes contemporains.Auprès des hôpitaux de l'Université, dans la zone de "Celas", s'est installé le Polo III de l'Université, où règnent les Sciences de la Vie.

*Sofia devant être pris ici dans le sens de savoir, sagesse.